Wilayah yang sekarang menjadi Desa Bangunkerto terdiri dari tiga kelurahan, yaitu Kelurahan Ganggong, Selobonggo,dan Wonosari. Berdasarkan maklumat pemerintah daerah istimewa yogyakarta tahun 1946 tentang pemerintah kelurahan, kelurahan-kelurahan tersebut kemudian digabung menjadi satu desa otonom dengan nama Dsa Bangunkerto. melalui maklumat pemerintah daerah istimewa yogyakarta Nomer 5 Tahun 1948 tentang perubahan daerah-daerah kelurahan.